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O artigo do Claudio André compara o resultado tanto em multithread quanto em single thread, e apresenta uma tabela exemplifica de casos que mostra o quanto o resultado foi próximo – em alguns casos, a execução no Windows até superou, por pouco, a do ambiente nativo.

Via claudioandre.drivehq.com:

É possível executar um programa Linux nativo (o mesmo binário, sem alterações) em uma máquina Windows? Sem truques, sem usar uma máquina virtual ou container? Apenas o binário ELF puro, copiado do Ubuntu para o Windows?

Eu testei o famoso sofware John The Ripper Jumbo no Windows 10 64 bits Insider Preview. O John foi compilado no Ubuntu 14.04.4 LTS e copiado para o Windows junto com as bibliotecas necessárias. (...)