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“Se você precisa formatar um pen drive no ubuntu com segurança (excluindo de um modo que os arquivos não possam mais ser recuperados), veja aqui como fazer isso no Ubuntu.

No Ubuntu é possível formatar uma mídia de forma segura, impedindo que alguém mais consiga recuperar os arquivos presentes nela. Mas antes de começar a fazer a formatação, tenha certeza que não precisará mais dos arquivos que estão nele, pois como já foi falado acima, a formatação será definitiva e depois de finalizar o processo, não terá mais como recuperá-los.” [referência: edivaldobrito.com.br]