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“Se você quer uma opção que lhe permita apagar arquivos definitivamente, em vez de mandar para a lixeira, veja aqui como adicionar uma no menu do Nautilus.

Enviar arquivos apagados para lixeira nem sempre é uma boa opção, pois isso irá ficar ocupando espaço no disco e dificilmente você lembrará de entrar nela para limpar e liberar esse espaço. Uma boa saída é apagar alguns arquivos definitivamente. Muitas vezes isso pode até ser uma necessidade, quando precisamos realmente nos livrar de um arquivo. Por padrão, o Nautilus não traz essa opção ativa, por isso, mostrarei como ativá-la.” [referência: edivaldobrito.com.br]