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O Phoronix rodou uma bateria de testes de desempenho no Debian 7.0 GNU/Linux e no Debian 7.0 GNU/kFreeBSD, em um ThinkPad T61 com CPU Core 2 Duo T9300 e NVIDIA Quadro.

Naturalmente não é a mesma coisa que comparar uma distribuição Linux com o FreeBSD: na comparação do Phoroniz, o userland é praticamente o mesmo, ambos os sistemas usam o mesmo compilador, libc, etc.

O resultado detalhado você encontra no link abaixo, mas o resumo publicado pelo autor diz que o Debian 7 com o kernel Linux 3.2 é genericamente mais rápido que o Debian 7 com o kernel do FreeBSD 9.0.2.

(via phoronix.com - “[Phoronix] Debian 7.0 GNU/Linux vs. GNU/kFreeBSD Benchmarks”)