“Se você se amarrou no estilo 'terminal cortininha' do Yakuake, já analisado anteriormente no próprio BR-Linux, talvez vá gostar mais ainda do QuadKonsole, analisado pelo Linux.com.
Como diz a introdução do texto, às vezes são as idéias simples que produzem as aplicações mais poderosas, e é o caso deste emulador de terminal que gerencia a exibição de diversas shells, lado a lado, em uma mesma janela. Eu não gostei muito - acabava me confundindo com o conceito de foco e digitando na shell errada, e mesmo que isso acontecesse poucas vezes, a possibilidade de desastre é grande, e não me deu ganho de produtividade para compensar. Mas consigo perceber que pode haver demanda, e se o modelo em abas ou a exibição em múltiplas janelas não o satisfazem, experimente!”
Você tem que dar um exit antes de fechar o Yakuake, por motivos de segurança.
O ideal seria ele dar um exit, se você o fechar.