O IE não roda com o Wine, só com o CrossOver Office, uma versão modificada feita pela CodeWeavers.
Quanto ao ICA Client que você usa, usa o original da Citrix pra GNU/Linux ou o rdesktop? O rdesktop é um software livre que funciona como cliente ICA, embora careça de alguns recursos de aplicações corporativas (basicamente não mantém compatibilidade com arquivos .ica).
aí sim, veremos migração em massa, não precisamente para o Linux, já que tais ferramentas são independentes de S.O., mas para plataformas outras que a do monopolista convicto.