Vida longa às Autotools!!: Não podemos deixar de dar o devido mérito ao 'GNU build system', também conhecido como Autotools (autoconf, automake, etc.). Afinal, sem ele, não teríamos o famoso 'configure; make; make install' :-)

Além disso, são as Autotools que permitem, à maioria dos aplicativos 'open source' desenvolvidos com o seu auxílio (que são a esmagadora maioria), configurar os diretórios que eles utilizarão. Sem isso, projetos "polêmicos" como o GoboLinux teriam muito mais dificuldades para evoluir (IMHO).

E, antes que a discussão comece, vale ressaltar que o projeto GoboLinux vai além da redefinição da estrutura de diretórios. Há vários outros subprojetos interessantes sendo desenvolvidos lá, como o GoboHide ou o recente ChrootCompile.

Isso eu confirmo, tem muito: Isso eu confirmo, tem muito programa que utiliza estruturas de diretório estáticas, lá dentro do código, alguns que até mesmo usam os autotools. E dá-lhe patches pra corrigir essas coisas.

Mais importante que ser diferente, é o GoboLinux ajudar a outros programas pelo mundo a suportarem ambientes diferentes. Ponto pra eles.

A estrutura de diretórios: A estrutura de diretórios é inovadora pra Linux, porque pra windows sempre existiu a velha Arquivos de Programas... mais fácil pra o usuário comum

Espírito de porco: Mania de querer imitar a estrutura do windows heim. Se gostam tanto de tal sistema, que usem windows !

Independência de sistemas de gerenciamento de pacotes: Uma conseqüência interessante da estrutura de diretórios adotada para o GoboLinux é o fato de ele ser independente de um sistema de gerenciamento de pacotes, como os baseados em bancos de dados que utilizamos hoje. O projeto GoboLinux inclui um sistema de "gerenciamento auxiliar" --- que inclui o Manager, o Compile, o ChrootCompile e outros --- baseado na estrutura de diretórios, mas não obriga o usuário a utilizar os pacotes da distribuição.

Você pode perfeitamente desempacotar um programa "na unha", respeitando a hierarquia de diretórios, e executar o comando SymlinkProgram; feito isso, o sistema de gerenciamento do GoboLinux irá reconhecê-lo como um pacote instalado (como qualquer outro). Eu mesmo fiz isso uma vez no meu GoboLinux com um CD do TeXLive 2005 :-)

Essa independência do GoboLinux faz dele, a meu ver, uma excelente "plataforma de testes" para quem quiser desenvolver seu próprio modelo de pacotes. Há (ou havia) uma discussão acerca de implementar no GoboLinux um modelo de pacotes parecido com o do 'Mac OS X' ou do 'ROX Filer' e acredito que seja possível chegar perto disso (um conceito de "live package", talvez).
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Thomas Edison: o verdadeiro gênio da lâmpada.

Apesar de eu não ter: Apesar de eu não ter gostado muito dessas características do GoboLinux (mesmo assim, são bem interessantes em certos casos), achei muito legal a sua valorização em um site não brasileiro.

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Tudo que postei acima é minha singela opinião. :)