Documentação é um mal necessário do desenvolvimento de software. Usuários de Linux podem tirar vantagem de uma série de ferramentas para criar e manter documentação, incluindo algumas livres e outras proprietárias. Todas dão aos escritores técnicos a capacidade de criar e publicar documentação profissional. Veja o texto completo em
NewsForge | Creating professional documentation with Linux tools.
A matéria fala sobre DocBook, DITA, diversas ferramentas para criação de help online para programas e também para documentação de desenvolvimento de sistemas, processadores de texto e outras ferramentas.
É um tipo de recurso mais braçal, mas não abro mão da dupla Latex/Kile : http://kile.sourceforge.net/