O mencoder é parte do pacote do MPlayer, acrescentando as funções de conversão e gestão de arquivos multimídia. Entre os tipos de arquivo que o mencoder pode manipular estão o MPEG/VOB, AVI, ASF/WMA/WMV, RM, QT/MOV/MP4, Ogg/OGM, MKV, VIVO, FLI e FLV.
Há diversas interfaces gráficas que o complementam, facilitando seu uso, mas você pode usá-lo diretamente da linha de comando, e este é o foco deste artigo do Linux.com.
Saiba mais (linux.com).