“Sempre achei curioso a possibilidade de instalar um antivírus para poder então fazer um scan em uma eventual partição Windows, acredito que seja interessante saber uma forma de ajudar a tirar aquele vírus que não deixa o computador reiniciar na outra partição.”
Optei por instalar o AVAST:
http://www.debianadmin.com/avast-antivirus-for-ubuntu-desktop.html