Obrigado pelo texto, muito instrutivo.
Houve uma época que usei o Okular e ele realmente salvava as anotações num arquivo separado, que não era utilizado por outros leitores.
Muito bom saber que agora ele suporta o padrão.
Agora posso parar de usar um arquivo texto para fazer anotações com o número da página do lado :D

O PDF tem documentacoes abertas, mas ele eh realmente um padrao aberto? Se alguem puder esclarecer agradeco.

Quanto a funcionalidades como video e animacao dentro de arquivos PDF, isso tambem estah incluso no padrao?

Existe suporte a exibicao de videos e animacoes em algum programa do ecossistema FOSS de visualizacao de PDF?

Recentemente enfrentei uma pequena dificuldade com PDFs acredito que seja algo relativo a padronização.
Em meu celular Android instalei o Kingsoft Office pensando em resolver meu problema de aplicativos de escritório + PDFs mas ele não consegue ler partituras musicais correctamente, fui obrigado a gastar espaço de armazenamento com o Adobe Reader.

Hoje em dia é um padrão aberto sim: artigo na Wikipedia

@Leonardo Reis, o PDF em sua versão PDF 1.7 é sim um padrão aberto, reconhecido pela ISO. Nessa organização, o padrão é conhecido como 32000-1:2008.

Você pode baixar uma cópia do documento da especificação, um calhamaço de 756 páginas, lá no meu texto. ;)

@Leonardo Reis, apesar de vídeo, áudio e animações estarem padronizadas no formato PDF, desconheço alguma aplicação/biblioteca livre que as implemente.

Muito obrigado a todos que esclareceram minhas duvidas ;)