Legal, boas novidades.

No meu ponto de vista, o numero de portas digitais e analógicas nem é o grande problema. O que deveria aumentar devido a grande utilidade sao as portas Seriais (TX/RX) (apenas 1 serial no Uno e 1 agora no Leonardo). No arduino Mega temos 3 portas Seriais (Serial1, Serial2, Serial3). 2 portas já seria perfeito!
E reconfigurar outras portas para agirem como Serial nem sempre funciona bem para os shields e bibliotecas existentes :S
Colocar mais uma porta de CS para barramento SPI tb seria muito bom.