O post do Pablo no DeveloperWorks explica 2 métodos gerais de usar o git para gerenciar versões e alterações nos arquivos de configuração do seu sistema. Segue trecho introdutório e o link para o texto completo:

Sistemas de controle de versão, ou VCS ou SCM (source code management), como são mais conhecidos, são ferramentas fundamentais para programadores. Com um SCM, o programador — ou toda a equipe de programadores — pode fazer alterações nos arquivos-fonte que compõem um programa e, caso o resultado não seja o desejável, retornar a qualquer uma das versões anteriores.

Contudo, o grupo dos administradores de sistemas logo percebeu que os SCMs também têm uma utilidade muito importante em seus trabalhos diários. Geralmente, nós sysadmins de sistemas GNU/Linux e outros derivados de Unix editamos frequentemente os arquivos de configuração localizados no diretório /etc/. Um princípio do Unix que nos deixa muito felizes é o uso de arquivos de texto puro para armazenar configurações.

Portanto, SCMs são perfeitos para controlar as versões dos próprios arquivos de configuração abrigados no /etc/. Genial, não? (…) (via IBM DeveloperWorks)