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A organização das pastas no Linux é governada pela especificação Filesystem Hierarchy Standard, que é seguida pela maioria das distribuições atualmente existentes, com poucas modificações. O padrão, cuja última revisão se deu em 2004, remonta às origens do Unix original e, para muitos, é algo perfeito e imutável.

No entanto, atualmente, percebo que o padrão adotado pela FHS é demasiada e desnecessariamente complexo e ineficiente. Além de confundir usuários novatos, a FHS dificulta o trabalho de desenvolvedores e de mantenedores de distros, que precisam estar a par do papel de cada diretório no sistema de arquivo. Isso não seria um grande problema se, atualmente, alguns desses diretórios não fossem totalmente redundantes e desorganizados.

Já existem várias iniciativas procurando alternativas a esta organização, como o GoboLinux e o SuckLess. Neste texto, explico o que seria uma organização ideal, em minha opinião.