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É possível sim trocar dados confidenciais por mensageiro instantaneo. Basta que ambos os contatos estejam em máquinas seguras e utilizem o Pidgin com a extensão pidgin-encryption que faz com que toda a sua conversa seja criptografada com a criptografia assimétrica (utiliza-se da chave pública do contato de destino) para embaralhar os dados de forma que somente o contato que possua a chave privada correspondente a esta chave pública consiga ler o texto corretamente. (via astor.linuxmasters.info)

Saiba mais (pidgin-encrypt.sourceforge.net).