Instalando:
sudo apt-get install ecryptfs-utils
mkdir ~/Private
chmod 700 ~/Private

Usando:
sudo mount -t ecryptfs ~/Private ~/Private
…faça o que quiser com este diretório…
sudo umount ~/Private

Para automatizar:
sudo mount -t ecryptfs ~/Private ~/Private -o key=passphrase,ecryptfs_cipher=aes,ecryptfs_key_bytes=16,ecryptfs_passthrough=n

Com relação a criptografia de dados on-the-fly eu estou testando o TrueCrypt que possui um recurso interessante de permitir um volume escondido dentro do volume principal, mas exatamente neste recurso encontrei um possível bug que não me agradou.

ecryptfs parece interessante, mas o fato de poder listar os arquivos que estão lá dentro me deixaram frustrado. Ao que parece (não li a respeito) ele criptografa cada arquivo individualmente.

Testei também o cryptkeeper que permite uma criptografia no mesmo estilo destes acima, e pode ser iniciado no login do usuário do Ubuntu e já está no repositório oficial antes da versão 7.10. Ain da não testei o recurso que virá no Ubuntu 8.10, mas acho que é a mesma coisa, não!?

Certamente algum usuário vai dizer: Que paranóia! Não tenho nada à esconder de ninguém.

Fica então a pergunta (hipotética): E se o meu laptop, que levo para todo canto para fazer minhas pesquisas, for roubado? Nele eu tenho todos os dados e referências para a tese de doutorado; possui os meus dados bancários, telefonicos e informações que deveriam ser tratadas como extremamente confidenciais quanto as fotos da minha família etc.

Se isso estiver em uma pasta / partição / dispositivo / arquivo criptografado embora fique extremamente triste com a perda não precisarei dormir preocupado e com o receio de que minha tese será publicada por outra pessoas, ou verei as fotos de minha família publicadas em sites escandalosos ou pior que isso receber trotes e ameaças por telefone, ou começr a receber visitas indesejadas.

Brevemente isso será um requisito obrigatorio em qualquer sistema operacional. Criptografia está na moda e com a onda de equipamentos móveis que apareceu nestes últimos tempos eu creio que ela será esssencial para qualquer um com um notebook ou outro dispositivo portátil.